Die Republik Malawi liegt als Binnenstaat in Südostafrika. Die Staatsfläche entspricht mit einer Größe von 118.484 km² (davon ist ein Viertel Wasserfläche) etwa einem Drittel der Fläche Deutschlands. Malawi grenzt im Norden und Nordosten an Tansania, im Osten, Süden und Südwesten an Mosambik und im Westen an Sambia. Die Nord-Süd-Ausdehnung beträgt 850 km bei einer maximalen Breite von 160 km. Der Malawisee (auch Njassasee) nimmt rund ein Fünftel der Staatsfläche ein (Anteil Malawi etwa 24.000 km²) und bildet im Norden die Grenze zu Tansania, im Osten hat das benachbarte Mosambik ebenfalls Anteil am See.
Malawi liegt fast vollständig im Njassagraben, der das Land von Nord nach Süd durchzieht und den südlichen Teil des Ostafrikanischen Grabensystems darstellt. In dem Graben ist der Malawisee eingebettet, der mit einer Gesamtfläche von knapp 30.000 km² der drittgrößte See Afrikas ist. Der Fluss Shire bildet den Hauptabfluss im Süden und mündet in Mosambik in den Sambesi. Westlich und östlich des Njassagrabens liegen auf einer Höhe von durchschnittlich 900 bis 1.200 m Hochebenen, die von einzelnen Gebirgszügen überragt werden. Im Norden erreicht das Nyikaplateau Höhen bis ca. 2.600 m, südlich des Malawisees liegt das Shirehochland (bis 2.700 m). Die höchste Erhebung des Landes (Sapitwa) liegt mit rund 3.000 m südlich des Chilwasees in den Mulanje Mountains.
Die Hauptstadt Lilongwe liegt im Westen Malawis auf einer Höhe von 1.067 m.