Uganda liegt in Ostafrika und grenzt im Norden an den Sudan, im Osten an Kenia, im Süden an Ruanda und Tansania und im Westen an die Demokratische Republik Kongo. Im Südosten hat das Land Anteil am Victoriasee. Mit einer Fläche von rund 240.000 km² ist das Land etwa so groß wie Großbritannien.
Den größten Teil des Landes bildet eine Hochebene (rund 1.000 bis 1.500 m über dem Meeresspiegel), die nach Nordwesten hin leicht abfällt. Im Westen ist die Hochebene durch den Zentralafrikanischen Grabenbruch begrenzt. Hier liegt die Kette der Edward-, George- und Albertseen. Im Ruwenzori-Gebirge ist der Margherita-Gipfel mit 5.109 m die höchste Erhebung. Im Osten liegt das Mount-Elgon-Massiv (mit Höhen bis ca. 4.300 m), im Süden das ruandische Bergland mit den Virunga-Vulkanen, die bis zu 4.100 m aufragen.
Bedeutendster Fluss Ugandas ist der Victoria-Nil, der bei Jinja aus dem Victoria-See entspringt und diesen mit dem Kyogasee und dem Albertsee verbindet. Der Victoriasee ist mit einer Fläche von rund 68.800 km² der größte See in Afrika, an dem auch die Nachbarländer Tansania und Kenia Anteil haben. Die Hauptstadt Kampala im Süden des Landes (seit 1962) ist mit rund 830.000 Einwohnern die größte Stadt des Landes.