Malaysia liegt in Südostasien und besteht aus zwei Landesteilen: Westmalaysia liegt im Süden der Halbinsel Malakka (im Norden Grenze zu Thailand), Ostmalaysia nimmt mit den Provinzen Sarawak und Sabah den nordwestlichen Teil der Insel Borneo (Kalimantan) ein. Der restliche Teil von Borneo gehört zu Indonesien. Die Landesteile sind durch das Südchinesische Meer etwa 600 km getrennt. Insgesamt umfasst die Staatsfläche 329.759 km², damit ist das Land etwas kleiner als Deutschland.
Auf der Halbinsel Malakka verlaufen mehrere Gebirgsketten von Norden in Richtung Süden, die Ausläufer des hinterindischen Gebirges darstellen. Der höchste Gebirgszug erreicht eine Höhe von 2.190 m (Tahan). In Richtung Küste gehen die Gebirge in Hügelländer über, denen weite, versumpfte Küstenebenen folgen. Die Südspitze der Halbinsel Malakka ist überwiegend flach.
Schwemmlandebenen kennzeichnen auch die Küsten der malaiischen Provinzen Sarawak und Sabah auf Borneo. Zur Inselmitte hin steigt das Land bis auf Höhen von 2.423 m (Gunong Murud, Sarawak) bzw. 4.101 m (Kinabalu, Sabah) an.
Die Hauptstadt Kuala Lumpur liegt im Westen der Halbinsel Malakka im Bundesstaat Selangor.